Ещё в школьные годы Илья Шакунов начал учиться в студии известного актёра Игоря Горбачева. После окончания школы он поступил в 1-й Ленинградский медицинский институт, затем перевелся в ЛЭТИ на факультет автоматики и вычислительной техники. Однако затем Илья бросил оба института и сдал экзамены в ЛГИТМиК (Ленинградский государственный институт театра, музыки и кино), сейчас: СПбГАТИ (Санкт-Петербургская государственная академия театрального искусства).
   В театральном институте Илья Шакунов учился на курсе Вениамина Фильштинского. На четвёртом курсе Илья уже играл Чацкого на сцене петербургского ТЮЗа им. А. А. Брянцева в спектакле «Горе от ума».
   В 1996 году окончил ЛГИТМиК (курс В. М. Фильштинского)
   С 1996 года по 2007 год — актёр ТЮЗа им. А. А. Брянцева в Санкт-Петербурге
   С 2002 по 2003 год Илья Шакунов — президент актёрского агентства продюсерского центра «Брат».
   Женат на актрисе Анне Дюковой, двое детей: дочь Василиса (2005г) и сын Макар (2010г).

   В 1996 году Илья по приглашению художественного руководителя театра Андрея Андреева пришёл в труппу ЛТЮЗа. Очень скоро он стал одним из ведущих актёров театра. Здесь им были сыграны: Князь в спектакле «Русалка», Контрабасист в спектакле «Учитель ритмики», Генрих в спектакле «Дракон».
   Помимо ТЮЗа Шакунов играл в спектаклях Романа Виктюка: «Бабочка, бабочка…», «Осенние скрипки», «Путаны». Затем талантливый актёр был приглашен в БДТ им. Товстоногова, где репетировал два месяца. Но любовь к родному театру оказалась сильнее, и Илья вернулся в ТЮЗ.
   В кино Илья Шакунов начал сниматься с 1993 года. Первую заметную роль — Антона, Илья Шакунов сыграл в фильме Дмитрия Месхиева «Женская собственность» в 1998 году.
В 2000 году начался новый этап в кинокарьере Шакунова. Режиссёр Олег Ковалов пригласил актёра на главную роль в свою картину «Тёмная ночь». Актёр великолепно справился с поставленной задачей — ему удалось создать притягательный, интригующий образ странного героя, полубезумного фотографа по имени Имант, влюбленного в маленькую девочку.
   Шакунову как нельзя больше подошла экспрессионистская стилистика фильма. Актёр создал четкий, почти графический рисунок роли — длинное чёрное пальто, круглые очки, безумный взгляд, широкополая шляпа. Он был настоящим князем тьмы, безумным фантазером и опасным спутником.
   Фильм имел успех на кинофестивалях, работа Шакунова получила высокую оценку критики.
После «Темной ночи» Илья Шакунов стал много сниматься в кино. В драме Михаила Брашинского «Гололед» он сыграл главную роль — Переводчика. Затем последовали роли в сериалах «По имени Барон», «Красная капелла», «Виола Тараканова», «Фаворский», «Умножающий печаль», «Монтекристо», «Беглец».
   В фильме «Флешка» режиссёра Георгия Шенгелия актёр исполнил главную роль Андрея Игнатьева.
   В 2007 году И. Шакунов вместе с А. Бабенко и В. Зельдиным сыграл в мелодраме Веры Глаголевой «Чёртово колесо».